Da Bornholm tilbage i starten af 1900 blev opdaget som rejsemål, var det i særdeleshed Allinge-Sandvig med sine knejsende klipper og kridhvidt sand i små laguner, der virkede som en magnet på det danske og tyske borgerskab.
Helt tilbage fra 1906 har der været drevet hotel på stedet hvor Hotel Hammersø ligger. I 1942 købte Magnus og Karen Kjær hotellet og trods svære forhold under 2. verdenskrig gik det godt. I 1944 beslaglagde tyske tropper imidlertid Hotel Hammersø, og stedet blev brugt som feltlazaret for sårede tyske soldater fra østfronten. Det var en hård tid for den ellers så flotte hotelbygning, der hurtigt blev kraftigt nedslidt.
Danmark blev befriet i maj 1945. Desværre omfattede befrielsen ikke Bornholm, der i stedet blev besat af russiske tropper.
De russiske tropper beslaglagde straks de bedst beliggende hoteller på Bornholm – herunder Hotel Hammersø. I perioden frem til 1946, hvor de russiske tropper gav Bornholm tilbage til Danmark, fungerede Hotel Hammersø som kommandocentral for russiske officerer.
Da Magnus Kjær i 1946 fik sit hotel tilbage var det i en sørgelig forfatning. Men med Marshall-hjælp fra USA og en kæmpe indsats fra Magnus og Karen Kjær blev stedet sat flot i stand og kunne igen fungere som idyllisk feriested.
Nina Kjær, datter af Magnus og Karen Kjær, overtog i 1988 Hotel Hammersø sammen med sin mand Birger. Stedet er løbende blevet renoveret og til dels udbygget, så man i dag råder over langt flere hotelværelser, men også sommerhuse og ferielejligheder ved Hotel Hammersø, ved Sandvig Strand og på Sydbornholm.
I dag er Ninette Kjær, tredje generation af familien, også medejer og engageret i driften af Hotel Hammersø.